Yliopistolaissa nimetyt 16 yliopistoa ovat olleet yliopistouudistuksen 2009 jälkeen itsenäisiä työnantajia. Edunvalvontaa hoidetaan työnantajakohtaisesti yhdistysten ja luottamusmiesten toimesta. YLL ottaa liittona yhdessä OAJ:n kanssa kantaa kaikkia yliopistoja ja yleissitovia sopimuksia koskevissa asioissa. Pääkaupunkiseudun yliopistoilla ei ole varsinaista yhteistä verkostoa. Jaosto ja alueyhdistys eivät ole toistaiseksi jättäneet yliopistoja koskevia virallisia kannanottoja. Yliopistojaosto on mukana kaikissa alueyhdistyksen kannanotoissa, jotka koskevat pääkaupunkiseudun OAJ:laisia jäseniä.

Yliopistojaosto tapasi eduskunnan sivistysvaliokunnan puheenjohtaja Raija Vahasalon 27.4.2012 ja keskusteli henkilöstön osallistumismahdollisuuksista päätöksentekoon yliopistoissa, yliopistojen johtamisjärjestelmistä, henkilöstön liikkuvuudesta ja kelpoisuuksista, joista kukin on yliopisto päättänyt itsenäisesti yliopistouudistuksen jälkeen.